En 1668 el médico italiano Francesco Redi refutó la hipótesis de los gusanos a partir de la carne, simplemente manteniendo alejadas las moscas (de cuyos huevecillos salen los gusanos) de la carne no contaminada. A mediados del siglo xix, Louis Pasteur en Francia y John Tyndall en Inglaterra refutaron la idea del caldo que se transforma en microorganismos. Aunque su trabajo echó por tierra en efecto la noción de la generación espontánea, no dio respuesta a la pregunta de cómo apareció la vida en la Tierra por primera vez. O bien, como lo expuso el bioquímico Stanley Miller: “Pasteur nunca probó que no ocurrió alguna vez; sólo demostró que no sucede todo el tiempo.”
Durante casi medio siglo, el asunto permaneció en letargo. Finalmente, los biólogos regresaron a la cuestión del origen de la vida. En los años veinte y treinta, Alexander Oparin en Rusia y John B.S. Haldane en Inglaterra advirtieron que la atmósfera rica en oxígeno que conocemos no habría permitido la formación espontánea de las complejas moléculas orgánicas necesarias para la vida. El oxígeno reacciona fácilmente con otras moléculas: rompe los enlaces químicos y de este modo tiende a simplificar las moléculas. Oparin y Haldane especularon que quizá la atmósfera de la Tierra joven contenía muy poco oxígeno y era rica en hidrógeno, y que, en estas condiciones atmosféricas, la vida pudo haber surgido de la materia inanimada mediante reacciones químicas ordinarias.
Este proceso de evolución química se conoce como evolución prebiótica, es decir, evolución antes de que existiera la vida. La atmósfera y el clima primitivos gobernaron la evolución prebiótica La Tierra primigenia era muy diferente del planeta del que ahora gozamos. Cuando la Tierra se formó hace 4500 millones de años, estaba muy caliente. Numerosos meteoritos se estrellaban en el planeta en formación, y la energía cinética de estas rocas extraterrestres se convertía en calor al producirse el impacto. Los átomos que se desintegraban desprendían aún más calor. La roca de la que se componía la Tierra se fundió, y los elementos más pesados, como el hierro y el níquel, se hundieron hacia el centro del planeta, donde siguen fundidos hasta el día de hoy. Poco a poco, la Tierra se enfrió y los elementos se combinaron para formar compuestos de muchos tipos. Prácticamente todo el oxígeno se combinó con hidrógeno para formar agua, con carbono para formar dióxido de carbono, o con elementos más pesados para formar minerales.
Al cabo de millones de años la Tierra se enfrió lo suficiente para permitir la existencia de agua en forma líquida; debió haber llovido durante miles de años mientras el vapor de agua se condensaba en la atmósfera cada vez más fría. Al caer en la superficie, el agua disolvió muchos minerales y formó un océano levemente salado. Los rayos de las tormentas, el calor de los volcanes y la intensa luz ultravioleta procedente del Sol derramaban energía en los jóvenes mares.
A juzgar por la composición química de la roca que se formó en esta época, los geoquímicos han deducido que la atmósfera primitiva contenía probablemente dióxido de carbono, metano, amoniaco, hidrógeno, nitrógeno, ácido clorhídrico, sulfuro de hidrógeno y vapor de agua. Pero prácticamente no había oxígeno libre en la atmósfera primitiva, porque los átomos de oxígeno estaban atrapados en el agua, el dióxido de carbono y los minerales.